A védőcsoportok funkciója a specifikus funkciós csoportok elkülönítése a szintézis folyamata során, megvédve azokat az interferencia ellen, és a védőcsoportokat csak a célmolekula aktivitásának helyreállítására irányuló specifikus reakciók befejezése után távolítják el. A védőcsoportok eltávolításának folyamata általában enyhe körülményeket igényel a célmolekula károsodásának elkerülése érdekében. Például az ROH védett alkoholokból való eltávolításának módszere általában éterek (ROR') vagy észterek (ROCOR') előállítása, majd megfelelő körülmények között történő hidrolizálása vagy savanyítása.
Összefoglalva, a védőcsoportok szerepe a PNA-szintézisben kulcsfontosságú, mivel biztosítja a komplex molekulák hatékony szintézisét, elkerüli a nem célzott reakciókat, és szelektíven eltávolítható, ha szükséges tisztított PNA-termékek előállításához.